knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX027091.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01620

4 Motif M01122

5 Motif M00084

6 Motif M01175

7 Motif PBM0162

8 Motif PBM0145

9 Motif M01610

10 Motif PBM0087

11 Motif M01525

12 Motif MA0018.2

13 Motif M00338

14 Motif M00041

15 Motif M01838

16 Motif MA0100.1

17 Motif M01096

18 Motif M00986

19 Motif M00491

20 Motif M01639

21 Motif M01241

22 Motif M00108

23 Motif M00244

24 Motif M01629

25 Motif PBM0126

26 Motif PBM0104

27 Motif PBM0103

28 Motif PBM0132

29 Motif PBM0135

30 Motif PBM0116

31 Motif M02040

32 Motif M01985

33 Motif M01167

34 Motif M01940

35 Motif M01700

36 Motif M01944

37 Motif M00237

38 Motif M00235

39 Motif MA0006.1

40 Motif M01961

41 Motif M01104

42 Motif M00654

43 Motif M01057

44 Motif M02011

45 Motif M01559

46 Motif M01509

47 Motif M01303

48 Motif M00008

49 Motif M01002

50 Motif M00797

51 Motif PBM0121

52 Motif PBM0114

53 Motif PBM0113

54 Motif PBM0107

55 Motif M01182

56 Motif M00976

57 Motif M01636

58 Motif M01220

59 Motif M01617

60 Motif M01966

61 Motif M01924

62 Motif PBM0105

63 Motif PBM0094

64 Motif PBM0130

65 Motif PBM0129

66 Motif PBM0128

67 Motif PBM0119

68 Motif PBM0100

69 Motif PBM0110

70 Motif PBM0101

71 Motif PBM0097

72 Motif M02037

73 Motif M01992

74 Motif M01989

75 Motif M01987

76 Motif M01982

77 Motif M01981

78 Motif M01980

79 Motif M01979

80 Motif M01976

81 Motif M00032

82 Motif MA0076.1

83 Motif M01990

84 Motif M01986

85 Motif M00262

86 Motif M01660

87 Motif MA0048.1

88 Motif M01243

89 Motif M01114

90 Motif M00940

91 Motif M00939

92 Motif M00428

93 Motif M01492

94 Motif PBM0083

95 Motif M01118

96 Motif M00263

97 Motif M01951

98 Motif PBM0077

99 Motif M01843

100 Motif M00049

101 Motif M00516

102 Motif PBM0023

103 Motif M01550

104 Motif PBM0085

105 Motif M01517

106 Motif PBM0082

107 Motif M01925

108 Motif M01613

109 Motif PBM0198

110 Motif PBM0181

111 Motif M01577

112 Motif PBM0054

113 Motif M01512

114 Motif M01962

115 Motif M00693

116 Motif M01736

117 Motif M01068

118 Motif M00649

119 Motif M01544

120 Motif M01251

121 Motif M01634

122 Motif M00345

123 Motif MA0003.1

124 Motif M00470

125 Motif M00469

126 Motif M01948

127 Motif M00698

128 Motif M01649

129 Motif M00944

130 Motif M00361

131 Motif M01933

132 Motif M01050

133 Motif M01852

134 Motif M01673

135 Motif M01635

136 Motif M01839

137 Motif M01972

138 Motif M00752

139 Motif M00243

140 Motif M01947

141 Motif M01648

142 Motif M01903

143 Motif M00697

144 Motif M00694

145 Motif M00916

146 Motif M00036

147 Motif M01862

148 Motif M01820

149 Motif M00917

150 Motif M00691

151 Motif M00513

152 Motif M00113

153 Motif M00017

154 Motif M01863

155 Motif M01187

156 Motif M01186

157 Motif M00179

158 Motif M00178

159 Motif M01861

160 Motif M00981

161 Motif M00946

162 Motif M00375

163 Motif M00039

164 Motif M01812

165 Motif M00514

166 Motif M00121

167 Motif M00369

168 Motif M01584

169 Motif M00236

170 Motif MA0059.1

171 Motif MA0093.1

172 Motif M00799

173 Motif MA0004.1

174 Motif M01699

175 Motif M01658

176 Motif M00624

177 Motif M00739

178 Motif M00737

179 Motif M00736

180 Motif M01958

181 Motif M01959

182 Motif M00426

183 Motif M00936

184 Motif PBM0079

185 Motif M00740

186 Motif M00466

187 Motif MA0024.1

188 Motif M00738

189 Motif M00431

190 Motif M00427

191 Motif M00050

192 Motif M00971

193 Motif M00070

194 Motif M00918

195 Motif M00264

196 Motif MA0088.1

197 Motif M00425

198 Motif M00492

199 Motif M01643

200 Motif M00245

201 Motif PBM0066

202 Motif M00660

203 Motif M01946

204 Motif M01818

205 Motif M01641

206 Motif M01909

207 Motif M02036

208 Motif M00069

209 Motif M01793

210 Motif M01563

211 Motif PBM0013

212 Motif M01558

213 Motif PBM0200

214 Motif M00796

215 Motif M00539

216 Motif M00945

217 Motif M00371

218 Motif M00370

219 Motif M00220

220 Motif M01200

221 Motif M01681

222 Motif M01035

223 Motif M01752

224 Motif M00706

225 Motif M00064

226 Motif PBM0191

227 Motif PBM0176

228 Motif M01256

229 Motif M00325

230 Motif M00256

231 Motif M01028

232 Motif MA0139.1

233 Motif M01259

234 Motif M00762

235 Motif M01911

236 Motif M01607

237 Motif M00973

238 Motif M00001

239 Motif MA0017.1

240 Motif M00158

241 Motif M01816

242 Motif M00014

243 Motif M01642

244 Motif M01742

245 Motif M00765

246 Motif M00171

247 Motif M01744

248 Motif MA0117.1

249 Motif M01513

250 Motif M00651

251 Motif PBM0099

252 Motif M01840

253 Motif M00281

254 Motif M01511

255 Motif M00024

256 Motif M01662

257 Motif PBM0031

258 Motif M01548

259 Motif M00279

260 Motif M00175

261 Motif PBM0081

262 Motif M01571

263 Motif MA0007.1

264 Motif M00806

265 Motif M00788

266 Motif M00443

267 Motif M00512

268 Motif M01298

269 Motif M00927

270 Motif M01587

271 Motif PBM0156

272 Motif PBM0140

273 Motif MA0138.2

274 Motif M01234

275 Motif M01927

276 Motif M01054

277 Motif M01216

278 Motif M01198

279 Motif M02032

280 Motif M01111

281 Motif M00210

282 Motif M00280

283 Motif M00626

284 Motif M01598

285 Motif M00993

286 Motif M01938

287 Motif M00394

288 Motif M01646

289 Motif M01768

290 Motif MA0091.1

291 Motif M00930

292 Motif M00795

293 Motif M00065

294 Motif M00150

295 Motif M00292